檔案應用申請流程如下：
一、向行政課總收文辦理檔案應用申請，隨到隨辦。
二、行政課各業務課受理審核及回覆，審查結果會在30日內通知，審核不通過則補正，若於補正期間補正則會交付予行政課閱覽、抄錄或複製檔案，否則駁回，直接至檔案應用統計；審核通過則交由行政課進入準備檔案階段。
三、行政課負責準備檔案並進行閱覽、抄錄或複製檔案，完成後繳費還卷，作業期限是隨到隨辦。
四、檔案應用統計，行政課會於每季做檔案的統計。